1、定义不同

细胞：细胞 （英文名：cell）并没有统一的定义，比较普遍的提法是：细胞是生物体基本的结构和功能单位。已知除病毒之外的所有生物均由细胞所组成，但病毒生命活动也必须在细胞中才能体现。

微生物：个体难以用肉眼观察的一切微小生物之统称。微生物包括细菌、病毒、真菌和少数藻类等。

病毒是一类由核酸和蛋白质等少数几种成分组成的“非细胞生物”，但是它的生存必须依赖于活细胞。根据存在的不同环境分为空间微生物、海洋微生物等，按照细胞结构分类分为原核微生物和真核微生物。

2、特征不同

细胞：所有的细胞表面均有由磷脂双分子层与镶嵌蛋白质及糖被构成的生物膜（注意 ：癌细胞无糖被，容易游走扩散），即细胞膜。

所有的细胞都含有两种核酸：即DNA与RNA。

作为遗传信息复制与转录的载体。

作为蛋白质合成的机器─核糖体，毫无例外地存在于一切细胞内。核糖体，是蛋白质合成的必须机器，在细胞遗传信息流的传递中起着必不可少的作用。

基本上所有细胞的增殖都以一分为二的方式进行分裂。（少数不是，如蓝藻的有些种类从老细胞内产生新细胞）

部分细胞能进行自我增殖和遗传（高度分化的细胞无法自我增殖。）

新陈代谢。

细胞都具有运动性，包括细胞自身的运动和细胞内部的物质运动。

注：病毒不具有细胞结构。

微生物：生长繁殖快，相比于大型动物，微生物具有极高的生长繁殖速度。大肠杆菌能够在12.5-20分钟内繁殖1次。不妨计算一下，1个大肠杆菌假设20分钟分裂1次，1小时3次，1昼夜24小时分裂24×3=72次，大概可产生4722366500万亿个（2的72次方），这是非常巨大的数字。

但事实上，由于各种条件的限制，如营养缺失、竞争加剧、生存环境恶化等原因，微生物无法完全达到这种指数级增长。 已知大多数微生物生长的最佳pH范围为7.0 (6.6~7.5)附近，部分则低于4.0。

3、研究历史不同

细胞：细胞（Cells）是由英国科学家罗伯特·胡克（Robert Hooke，1635～1703）于1665年发现的。当时他用自制的光学显微镜观察软木塞的薄切片，放大后发现一格一格的小空间，就以英文的cell命名之，而这个英文单字的意义本身就有小房间一格一格的用法，所以并非另创的字汇。

微生物：微生物的形态观察是从安东尼·列文虎克发明显微镜开始的，他利用能放大50～300倍的显微镜，清楚地看见了细菌和原生动物，他的发现和描述首次揭示了一个崭新的生物世界——微生物世界。在微生物学的发展史上具有划时代的意义。